尽管李洪志一再抵赖，否认“法轮功”是有组织的，但他的“辅导员和寺院的住持、方丈没有什么区别”的言论，充分暴露出“法轮功”的有组织性。李洪志在《法轮大法义解》说，“寺庙里修行的僧人，那一庙之长，称为住持、方丈，他是专修的了。我们在常人社会中修，我们这个法也好，能够往高层次上修炼，你炼功站的辅导员和庙里的方丈、住持有什么区别？不是对大家要求高，确确实实是功德无量的事情。”
“法轮功”的组织方式是极为严密的，李洪志创立了“法轮大法研究会”，并下设总站、分站及辅导站，每个站点都有负责人，练习者也要登记在册，而且活动联系主要通过Internet网、电话等现代通讯工具，李洪志的各种指示会很快地传播到每一个“法轮功”练习者。据查，“法轮功”在全国一共设有三十九个地区总站，一千九百个辅导站，二万八千二百六十三个练功点，共有练习者二百一十万人。“法轮功”的各级站长、辅导员就是这个庞大组织的各级组织者，他们就像寺庙里的方丈、住持一样，各守一摊，同时负责上下联络，把这二百一十万人联成一体。
作为有组织的邪教，“法轮功”动辄聚众围攻、冲击国家机关、企事业单位，扰乱正常的社会秩序；非法举行集会示威；煽动、欺骗、组织其成员破坏国家法规的实施；毒化人们的思想；蒙骗其信徒为了“升天”而自杀、自残，残杀他人。
我国《社会团体登记管理条例》规定，成立社会团体应当进行登记，社会团体必须遵守宪法、法律、法规和国家政策，不得反对宪法确定的基本原则，不得损害国家利益、社会公共利益以及其他组织和公民的合法权益，不得违背社会道德风尚。“法轮功”邪教组织未经政府部门批准，没有履行合法的登记手续，属于非法结社。它神化李洪志，制造、散布迷信邪说，蛊惑、蒙骗、控制其成员，危害社会。“法轮功”组织对社会造成严重危害，引起全国人民的愤慨，为国法所不容。我国政府是全心全意为人民服务的政府，依法取缔和打击包括“法轮功”在内的各种邪教组织，维护社会稳定，保护人民群众的生命财产安全，是人民政府的庄严职责。
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